« A présent que je me sais condamné sur cette planète maudite, je ne me préoccupe plus de tout ce qui pourrait nous arriver, à moi et à mes Pikmin. Ils m'ont laissé monter à bord de leurs oignons, et j'aurais été fou de joie si cela c'était produit il y a quelques jours, quand il me restait encore un espoir de sortir d'ici vivant. Le plus drôle, c'est que je ne me rappelle plus de rien. J'ai escaladé la rampe, et puis tout est devenu lumineux. Je crois que j'ai perdu connaissance. Quand je suis sorti, j'avais des difficultés à marcher, mais les Pikmin avaient l'air de m'apprécier encore plus qu'avant. J'ai commencé à faire quelques pas, et lorsque j'ai regardé mon reflet sur la surface du lac... non, vous ne me croiriez pas. »

Dernière ligne droite : la confrontation avec le boss final. Vous pouvez le vaincre de deux manières différentes. La première consiste à entrer discrètement dans l'arène en longeant le mur, et à faire ronger la barrière d'os située derrière lui par une armée de Pikmin jaunes. Vous pouvez ensuite utiliser un Pikmin jaune pour lancer une bombe sur le boss afin qu'il la gobe. Sa jauge de vie descendra alors un tout petit peu, et il faudra répéter l'opération jusqu'à sa mort. La démarche est longue et fastidieuse, et vous risquez de ne pas avoir assez de bombes pour le terminer. L'autre méthode consiste à l'attaquer de manière brutale avec une armée de Pikmin rouges, en le contournant de manière à lancer un maximum de Pikmin sur sa joue. Quoi qu'il arrive, vous devez absolument vous débrouiller pour ne pas vous faire écraser lorsqu'il saute. Evitez de rester face à lui si vous ne voulez pas qu'il gobe d'un seul coup toutes vos troupes. Si vous vous y prenez correctement, le combat ne devrait même pas prendre une demi-journée. N'hésitez pas à aller chercher d'autres Pikmin aux oignons si jamais vous êtes à court. Une fois vaincu, le monstre abandonne la dernière pièce du vaisseau : le Coffre Secret, qui ressemble à une vulgaire tirelire. Il vous faudra 40 Pikmin pour le ramener au vaisseau, et 25 de plus pour récupérer les jetons. Faites passer le temps via le sous-menu pour vous retrouver au coucher du soleil, et admirez la séquence de fin.

Ce journal de bord est celui du capitaine Olimar, disparu dans l'espace alors qu'il effectuait, à son insu, une mission de reconnaissance sur la planète Terre. Peut-être que le contenu de ce journal nous apprendra quelque chose sur sa disparition. Après une semaine de recherches infructueuses, nous ne sommes toujours pas parvenu à retrouver son corps. Si nous ne découvrons aucun signe de lui d'ici ce soir, nous abandonnerons les recherches et le laisserons à son triste sort. Il y a tout de même quelque chose que je ne m'explique pas. C'est cet espèce de radis sur pattes qui s'agite depuis ce matin devant la carcasse du vaisseau, comme s'il cherchait à nous faire comprendre quelque chose. Qui sait ce qu'Olimar a pu découvrir ici ?

Le jeu comporte trois fins différentes qui dépendent du nombre de pièces de vaisseau que vous êtes parvenu à réunir. Pour obtenir la meilleure fin, vous devez posséder les 30 pièces avant la fin des 30 jours. Olimar peut alors quitter cette planète, et les Pikmin ont suffisamment appris de lui pour savoir se débrouiller de manière autonome. Si, au terme des 30 jours, vous possédez au moins les 25 pièces indispensables, Olimar pourra faire décoller son vaisseau et quitter la planète. Enfin, si vous n'avez pas suffisamment de pièces au terme des 30 jours, le décollage échoue, et Olimar se retrouve transformé en Pikmin et condamné à rester à jamais sur cette planète hostile.