Après la vidéo d'introduction durant laquelle Sonic échappe aux militaires commence l'aventure avec un premier niveau.

Niveau 1 : City Escape - Personnage : Sonic

- Echappez aux militaires :

Aucune difficulté, vous devez simplement finir le niveau. Conservez votre vitesse maximale à la fin du niveau pour ne pas être écrasé par le camion qui vous poursuit. De plus, prenez garde aux quelques ennemis-robots qui peuplent la ville. Enfin, une fois le jeu fini, refaites ce niveau pour trouver les Magic Gloves en cassant des caisses au niveau du sol.

Une vidéo se déclenche ensuite, vous allez devoir affronter votre premier boss, un robot. Pour le vaincre, évitez ses tirs lorsqu'il est en l'air, et attendez qu'il se pose. Là, foncez-lui dessus tout en évitant ses missiles et frappez le cockpit. Faites cela 4 fois pour anéantir le robot.

Se déclenche ensuite une autre vidéo dans laquelle Sonic rencontre Shadow, puis se fait arrêter.

Changement d'univers , Knuckles brise la master Emerald au moment où Eggman allait la voler.

Niveau 2 : Wild Canyon - Personnage : Knuckles

- Retrouvez 3 morceaux de la Master Emerald.

Les endroits où apparaîssent les émeraudes étant aléatoires, utilisez le sonar et les indices pour trouver les 3 morceaux et finir le stage. Utilisez le système au centre de la zone pour atteindre les différents niveaux.

Nouvelles vidéo introduisant Tails et un combat face au Dr. Eggman débute. Visez-le simplement et tirez-lui dessus tout en évitant ses tirs pour le détruire.

Niveau 3 : Prison Lane Personnage : Tails

- Trouver le centre de la prison.

Un niveau de shoot, classique, avancez tout en blastant vos ennemis. Ce niveau ne présente aucune difficulté. Toutefois, si vous êtes bloqués, pensez à exterminer tous les adversaires pour débloquer des issues. De plus, une fois le niveau fini, refaites-le à l'aide du bazzoka pour révéler certaines issues et vous trouverez dans l'une d'elles le Laser Blaster, objet fort utile et fort puissant.

Nouvelle vidéo, et vous retrouvez Sonic qui, grâce à Amy, est libéré.

Niveau 4 : Metal Harbor - Personnage : Tails

- Echappez-vous de la base militaire.

Un objectif facile à réaliser, vous trouverez dans ce niveau les Light Shoes, vous permettant d'utiliser le Light Dash pour traverser certains endroits. Lorsque le missile va être lancé, accélérez pour vous accrocher à ce dernier avant son départ.

Vidéo, vous allez affronter Shadow pour la première fois. Touchez-le 3 fois tout en évitant ses quelques attaques pour triompher. Une nouvelle vidéo se déclenche, vous avez 8 minutes pour quitter l'île.

Niveau 5 : Green Forest - Personnage Sonic

- Echappez-vous de l'île en moins de 8 minutes.

Aucune méthode particulière, avancez le plus vite possible et utilisez les nombreux ressorts pour gagner du temps.

Vidéo, l'île explose et vous parvenez à vous échapper. Vous retrouvez Knuckles.

Niveau 6 : Pumpkin Hill - Personnage : Knuckles

- Retrouvez 3 morceaux de la Master Emerald.

Les endroits où apparaîssent les émeraudes étant aléatoires, utilisez le sonar et les indices pour trouver les 3 morceaux et finir le stage. Vous apprendrez aussi dans ce niveau la possibilité de creuser le sol et les murs, cela sera indispensable pour trouver certaines émeraudes.

Après la scène suivante, Sonic et Tails sont séparés.

Niveau 7 :Mission Street - Personnage : Tails

- Echappez aux ennemis qui vous poursuivent.

Un niveau assez long mais pas difficile. Assurez bien tous vos sauts et pensez à récupérer le booster pour pouvoir achever ce niveau.

Niveau 8 : Aquatic Mine - Personnage : Knuckles

- Retrouvez 3 morceaux de la Master Emerald.

Les endroits où apparaîssent les émeraudes étant aléatoires, utilisez le sonar et les indices pour trouver les 3 morceaux et finir le stage. Utilisez aussi le système permettant de changer le niveau de l'eau. Vous trouverez aussi dans ce niveau le Air Necklace.

Nouvelle vidéo, et Amy, Tails et Knuckles se rencontrent.

Niveau 9 : Route 101 - Personnage : Tails

- Poursuivez la limousine du président.

Un objectif très facile, il s'agit d'une simple course-poursuite. Faites A pour accélérer et Y pour utiliser des bonus lorsque vous en trouvez dans les ballons.

Une vidéo se déclenche ensuite (notez au passage que vous débloquez un mini-jeu de kart).

Niveau 10 : Hidden Base - Personnage Tails

- Trouvez l'entrée de la base secrète.

Un nouveau niveau avec Tails vraiment simple. Pensez à tirer sur absolument tout pour débloquer des passages, prenez garde à ne pas tomber dans le sable-mouvant où vous perdrez une vie. De plus, refaites ce niveau une fois le jeu fini et le bazooka trouvé pour obtenir le Mystic Melody.

Niveau 11 : Pyramid Cave - Personnage Sonic

- Infiltrez la base secrète d'Eggman.

Un nouveau classique, basé sur la rapidité. Vous allez devoir franchir de nombreux passages en un temps limité aussi vous devrez sans doute réessayer plusieurs fois avant d'y arriver. De plus, vous apprendrez dans ce niveau la capacité de sauter plus haut en pressant B.

Niveau 12 : Death Chamber - Personnage : Knuckles

- Trouvez les 3 clés de la porte.

Les endroits où apparaîssent les clés étant aléatoires, utilisez le sonar et les indices pour trouver les 3 clés et finir le stage. Référez-vous aussi au plan pour ne pas vous perdre et visiter le niveau intelligement.

Vous devez maintenant combattre un boss, un énorme fantôme. Evitez-le en courant et passez derrière lui. Frappez alors le petit fantôme, le sablier tombe et la lumière pénètre dans la pyramide. Le fantôme est touché, se cache, suivez-le et creusez pour le faire sortir. Frappez-le alors. Répétez cela encore 3 fois pour sortir vainqueur de ce combat.

Pas de temps de se reposer, Eggman vous attaque et envoie son Egg Golem. Courez avec Sonic le long de la plate-forme, placez-vous derrière lui, gravissez les plates-formes sur son dos et actionnez le bouton sur sa tête. Faites cela 5 fois pour détruire le golem.

Nouvelle vidéo ensuite, en route dans l'espace.

Niveau 13 : Eternal Engine - Personnage : Tails

- Détruisez le générateur de la colonie.

Premier niveau dans l'espace. Ce niveau n'est pas très difficile, ménagez tout de même vos instincts de tireur car le moindre tir mal placé pourrait être fatal. Cette zone est remplie d'explosifs et si vous en faites exploser, vous risquez d'être aspiré dans l'espace. De plus, vous devrez faire certains passages dehors, assurez bien vos sauts. Enfin, vous trouverez dans ce niveau le bazooka, nécessaire pour détruire les caisses en fer.

Nouvelle vidéo, vous reprenez le contrôle de Knuckles.

Niveau 14 : Meteor Herd - Personnage : Knuckles

- Retrouvez 3 morceaux de la Master Emerald.

Les endroits où apparaîssent les émeraudes étant aléatoires, utilisez le sonar et les indices pour trouver les 3 morceaux et finir le stage. Attention, certaines émeraudes peuvent se trouver dans des météores.

Une vidéo se déclenche ensuite et vous devez affronter Rouge. Aucune difficulté pour la battre, évitez ses attaques et attaquez au moment voulu. Vous avez maintenant réuni la Master Emerald.

Niveau 15 : Crazy Gadget - Personnage : Sonic

- Trouvez vite Eggman.

Un niveau assez difficile. Avancez doucement, utilisez les sytèmes pour changer la gravité afin de pouvoir progresser dans le niveau. De plus, prenez bien soin d'assurer vos sauts, et pensez à faire B devant une rangée de pièces pour poursuivre votre mission. Vous trouverez aussi dans ce niveau un objet vous permettant de briser les grosses caisses.

Vous reprenez le contrôle de Tails et vous allez devoir éliminer Eggman. Rien de bien difficile, tournez autour de son robot et tirez-lui dessus. Méfiez-vous tout de même de son attaque au gros canon qui peut être dévastatrice.

Niveau 16 : Final Rush - Personnage : Sonic

- Trouvez rapidement le canon.

Dernier niveau mais aussi niveau le plus dur. Vous êtes continuellement dans l'espace, aussi la moindre erreur sera fatale. Vous allez passer la plupart de votre temps sur des rampes, aussi laissez-vous glisser et assurez vos sauts. A la fin du niveau, lors de la grande descente, allez le plus vite possible, évitez tout tremplin pour achever ce niveau.

Ultime combat, contre Shadow. Aucune difficulté pour le vaincre, restez en arrière (pas trop pour rester sur la même voie que lui), et attendez qu'il lance son attaque. Là, courez rapidement vers lui et attaquez. Répétez cela 6 fois pour le détruire, cela est vraiment simple.

Félicitations, vous avez terminé la première quête.

Avant de passer à la deuxième quête, prenez le temps de refaire les niveaux mais aussi les mini-jeux pour obtenir des emblêmes.