Le jeu démarre directement dans le feu de l'action. Vous commencez en hauteur, à un endroit qui surplombe la bataille et vous apercevez vos ennemis, les Keraks, qui envahissent le vaisseau. Vos premiers adversaires défoncent la porte qui est à votre droite et vous attaquent. Ripostez en restant sur place et repoussez-les. Ensuite, avancez et franchissez la porte d'en face.
Après la cinématique, suivez le couloir jusqu'à la prochaine porte. Visez le tonneau et explosez-le puis ramassez les bonus. C'est là que les Keraks vous retrouvent à nouveau, éliminez les deux qui vous atteignent en premier puis occupez-vous des Swarmers. Rejoignez le Sergent Jake et faites un clic gauche sur le panneau de contrôle.
Avancez jusqu'à la porte et emparez-vous des kits de soin et des améliorations d'arme en chemin. Franchissez-la et éliminez les prochains ennemis. Descendez les marches et franchissez la porte vers une nouvelle pièce. Avancez en éliminant d'autres ennemis jusqu'à une autre pièce où vous trouverez des kits de soin, à gauche. Continuez à suivre les couloirs en éliminant les créatures jusqu'à atteindre des escaliers qui vous mèneront vers une nouvelle zone.
Éliminez les deux premiers ennemis et descendez par la gauche. Prenez le kit de soin et les grenades qui se trouvent au fond de la salle puis explosez les tonneaux pour trouver d'autres objets. Franchissez la porte qui est à proximité et ramassez les objets que vous trouverez. Avancez en traversant la porte de la salle des machines et sauvegardez votre progression. Descendez aux escaliers et dégommez trois Keraks. Si vous vous faites submerger, vous pouvez remonter quelques marches et tirer d'en haut sur vos adversaires. Allez à la prochaine pièce et ramassez le kit de soin et les grenades.
En traversant la prochaine porte, vous vous retrouverez dans une pièce radioactive. Utilisez tous les kits de soin que vous aviez ramassé pour garder le niveau de votre barre de santé. Votre tâche consiste à synchroniser (clic gauche dessus) les ordinateurs qui se trouvent dans la pièce. Il en existe un juste à l'entrée, le deuxième est en haut des escaliers et le troisième se trouve au fond. Dès que vous en aurez fini, sortez en vitesse. Revenez au point de sauvegarde et reprenez vos forces puis sauvegardez. Rebroussez chemin jusqu'à Jake. Vous devez, ensuite, tenir bon contre les assauts Keraks pendant un peu plus d'une minute jusqu'à l'arrivée du train. Cliquez sur "oui" pour quitter la zone et finir la mission.