Pour obtenir Mewtwo, assurez-vous tout d'abord d'avoir terminé au moins une fois l'épisode spécial de Kenshin. Ensuite, commencez un épisode spécial dans lequel vous pouvez jouer avec Kenshin, par exemple en le recrutant. Par la suite, développez le "Floating Rock" ainsi que la "Snowy Mountain" de Illusio au niveau 3, en utilisant la Banque. Le "Mystery Rock" devrait alors apparaître, avec, à l'intérieur, le Pokémon légendaire Mewtwo.