Pour afficher le menu Level Select, lancez une partie sans sauvegarde, puis au moment où le logo SEGA apparaît, touchez les quatre lettres de ce logo, un son de Ring se fera entendre. Puis à l'écran-titre, maintenez deux doigts sur l'écran jusqu'à l'apparition du menu. Ce menu vous permettra non seulement de choisir votre niveau, mais aussi de régler certains paramètres comme entre autres jouer avec les power-up de Sonic 2 et 3, de débloquer le septième Special Stage (et donc de récupérer la septième Chaos Emerald pour vous transformer en Super Sonic / Tails / Knuckles), ou d'activer ou désactiver le "Spike Bug".