Flûte 1 :

Dans le niveau 3 du premier monde, quand vous arrivez à peu près à la fin du niveau, une fois que vous avez sauté sur le bloc blanc, il faut rester dessus en se baissant pour passer derrière le décor. Ne tenez pas compte des tortues, et courez jusqu'à la fin du niveau pour atterrir dans une pièce où se trouve le sifflet qui sert à changer de monde.

Flûte 2 :

Après avoir trouvé la flûte du niveau 1 Stage 3, rendez-vous dans le château intermédiaire du niveau 1. Ne rentrez pas dans la pièce du boss mais utilisez le costume de raton laveur pour courir de la porte jusqu'au bout de la plate forme pour vous envoler en haut à droite de l'écran. Mario disparaît mais vous pouvez le diriger à droite jusqu'à Toad qui vous cède la flûte.

Flûte 3 :

La dernière flûte se trouve dans le niveau 2 (Egypte), sur la deuxième partie du monde. Il y a un rocher en haut à droite que l'on peut casser grâce à un marteau obtenu enaffrontant les frères Marto. Allez ensuite dans la troisième partie du niveau et récupérez le costume de grenouille dans la maison de Toad. Il ne vous reste plus qu'à battre à nouveau les frères Marto pour obtenir la flûte.