Chaque salle a une chance de contenir l'un des 7 mini-boss représentant les 7 péchés capitaux. Tous ont des caractéristiques différentes et laissent des objets après leur mort.

Envy (l'envie)

Il se déplace aléatoirement dans la pièce et inflige des dégâts au joueur en le touchant. Quand sa santé tombe à zéro il se divise en deux parties ce qui fait au final 8 « mini-Envy » à tuer. Pour le battre simplement il faut se focaliser sur une seule division afin d'éviter de se retrouver submergé rapidement.

Gluttony (la gourmandise)

Il attaque en tirant dans toutes les directions ou en envoyant un faisceau de sang unidirectionnel. A sa mort, ce boss laisse de nombreux cœurs. Pour le tuer, il suffit de rester à bonne distance (pour avoir le temps de passer entre les projectiles) et de se décaler quand il prépare le faisceau.

Greed (la cupidité)

Il a la particularité d'apparaitre à la place des magasins et salles secrètes. Son attaque est de tirer 3 flèches de sa bouche et de faire apparaitre deux Hoppers (ennemis sauteurs). Si le joueur est touché par ses flèches il perdra instantanément deux pièces dont une seule pourra être récupérée. A sa mort, le monstre donne de nombreuses pièces et éventuellement le Steam Sale (qui diminue les prix de moitié dans tous les magasins). La bonne stratégie pour le vaincre est de rester à distance et de la bombarder, ce qui permet d'esquiver les flèches et de voir venir les Hoppers.

Lust (l'avarice)

Il n'attaque qu'en fonçant vers vous et en vous touchant ce qui le rend simple à tuer si vous avez eu des améliorations de vitesse. A sa mort, il laisse The Virus, Roid Rage ou une pillule.

Pride (l'orgeuil)

Il a deux attaques : faire apparaitre des bombes dans la salle ou faire un rayon meurtrier en forme de croix. La meilleure tactique est de ne pas s'aligner avec lui pour rendre inefficace les rayons en croix mais aussi d'esquiver les bombes dans l'ordre où elles apparaissent (les premières peuvent pousser les autres vers vous en explosant). En mourant, ce boss vous donnera une carte de tarot ou l'Anarchist Cookbook.

Sloth (la paresse)

Il tire des projectiles verts qui explosent en touchant le sol et fait parfois apparaitre des larves. Le battre demande beaucoup de concentration pour éviter les boules vertes et les larves en même temps. Cela peut se faire plus simplement en tournant autour de la pièce. Une fois vaincu, le monstre vous laissera le Bob's Rotten Head ou une carte de tarot.

Wrath (la colère)

Sa seule attaque consiste à se déplacer aléatoirement et à faire apparaitre des bombes derrière lui. Vous pourrez le vaincre en lui renvoyant ses bombes ou simplement en lui tirant dessus tout en évitant les explosions. En mourant, il laisse des bombes et parfois Mr Mega ou Mr Boom.