Les mots de passe de Mega Man X3 ci-dessous vous permettent d'accéder à un certain niveau de progression, c'est à dire avec un certain nombre d'armes débloquées et de boss déjà défaits. Les codes de niveau sont progressif, chaque code correspondant à tous les boss précédemment listés déjà vaincus.

• 3723 1283 1751 1456 : Neon Tiger vaincu

• 7743 5256 1441 5486 : Gravity Beetle vaincu

• 7745 5253 1441 5486 : Blast Hornet vaincu

• 5725 1266 1751 5458 : Blizzard Buffalo vaincu

• 5765 1263 1756 5488 : Tunnel Rhino vaincu

• 5768 1267 4758 5488 : Volt Catfish vaincu

• 1774 1255 4448 3458 : Toxic Sea Horse vaincu

• 2376 2163 6258 7841 : Toxic Sea Horse + vaincu

• 8216 4156 6742 3821 : Crush Crawfish vaincu

• 8317 1683 6772 3876 : Dr Doppler vaincu