Les objectifs bonus correspondent aux cases jaunes du tableau des scores de fin de mission. Le premier est toujours : terminer la mission avec le mode réflexe désactivé. Pour se faire aller dans OPTIONS > PARAMÈTRES DE JEU. Le second objectif dépend de la mission que vous faites. En voici une liste :

Dans la mission Ground zeroes, il vous faut sauver le prisonnier sur le point d'être exécuté. Pour le trouver, il vous faut d'abord extraire Chico en hélicoptère. Puis diriger vous vers le camp qui se trouve sur votre gauche après avoir passer la grille du début de la mission. Vous trouverez alors 3 gardes autour du prisonnier, neutralisez les et ramener le prisonnier en vie à un hélicoptère.

Dans la mission "éliminer les renégats", l'objectif bonus est d'extraire les deux cibles en hélicoptère au lieu de les tuer.

Dans la mission "récupérer des informations", l'objectif bonus consiste à récupérer une seconde cassette. Pour la trouver, il vous faut d'abord récupérer la première (la cible vous dira où elle se trouve). Ensuite, dirigez vous vers les entrepôts à la recherche d'un soldat chauve et sans képi. Interrogez le et il vous donnera la cassette. Il vous suffit ensuite de la récupérer.

Dans la mission "destruction des postes antiaériens", l'objectif bonus consiste à récupérer un des membres de votre base qui a été capturé par l'ennemi et à l'extraire en hélicoptère. Il se trouve à l'endroit où vous rencontrez Paz dans la mission principale.