Vous vous retrouvez face à une imposante machine du professeur diabolique. L’aéronef se met à envoyer des missiles dans votre direction. Sautez pour les éviter et faites attention à leur changement de direction. Au bout d’un moment, ils vont arriver par le haut de l’écran. Lorsque le vaisseau se met à reculer, attendez une petite seconde et effectuez une glissade pour éviter son attaque (il se rue sur vous). Durant cette première phase, utilisez l’attaque de Torch Man. Les flammes vont facilement atteindre le cockpit. Par ailleurs, pour éviter les missiles, utilisez le Double Gear et grimpez sur les missiles si nécessaire. Dès que vous avez l’opportunité, passez en mode Acid Man. L’engin supporte très mal les produits toxiques et ne résistera pas longtemps. Le cockpit étant brisé, Wily sera alors vulnérable. Continuez d’utiliser le Double Gear pour grimper sur le vaisseau et visez le cockpit avec votre liquide acide.

Wily utilise un nouveau type de véhicule qui se déplace sur l’ensemble de l’écran. Utilisez tous les pouvoirs en votre possession, l’attaque de Bounce Man se révèle très pratique car les billes volent un peu partout. Méfiez-vous de son attaque où il se met à tournoyer autour de la zone. Au bout d’un moment, il va se téléporter et vous foncer littéralement dessus (en diagonale, de façon horizontale et verticale). Lors de ce passage, utilisez l’attaque de Tundra Man si nécessaire, cela fera baisser considérablement sa jauge d’énergie. En éliminant Wily lors de cette deuxième phase, vous viendrez à bout du scientifique.