Le système de combat de Naruto to Boruto : Shinobi Striker vous permet d'affronter d'autres joueurs ou même l'I.A. en incarnant votre propre personnage ou d'autres ninjas du manga. En plus d'utiliser des combos de base et des outils ninja, vous pourrez débloquer et utiliser une multitude de techniques issues des mangas Naruto et Boruto.

Les techniques peuvent être de différentes sortes : des attaques à distance, des combos au corps à corps, des techniques de soin ou même des améliorations de stats. Les personnages du manga disposent bien évidemment de leurs propres techniques qui leur sont propres.

Il vous est possible de débloquer les techniques du jeu en progressant dans les missions VR grâce aux différents rouleaux que vous récolterez mais aussi et surtout grâce aux personnages mentors qui se feront un plaisir de vous offrir leurs techniques préférées si vous jouez avec eux.

Notez que certaines techniques ne peuvent être équipées selon la spécialisation de votre avatar. En effet, si ce dernier est de type "combattant" (corps à corps), il ne pourra par exemple pas utiliser de techniques de soin.