Contrairement à Marvel vs Capcom 2 et Marvel vs Capcom 3, MvC:I repart sur les bases posées par des épisodes comme X-Men Vs Street Fighter et Marvel vs Capcom premier du nom, en vous proposant de choisir 2 personnages à la place de 3 pour former votre équipe. L'objectif de ce changement est simple : ne pas faire peur aux nouveaux joueurs qui avaient du mal à apprendre 3 personnages d’un coup.
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