Vous voilà arrivés au combat final et le moins que l'on puisse dire, c'est qu'il falloir être costaud. D'emblée, nous vous conseillons d'utiliser l'équipe suivante : Mario, Lapin Mario et Princesse Peach. L'idée est d'exploiter la capacité de soin de Peach tout en profitant de l'apport offensif (notamment pour la charge à ondes de choc) de Lapin Mario. Vous pouvez aussi utiliser Yoshi, dont le saut d'équipe émet également une onde de choc.
Le combat se déroule en trois phases. Lors de la première phase, Bowser Megadragon est protégé par quatre individus et possède une réserve d'énergie de 1 600. Utilisez Lapin Mario ou Yoshi pour faire subir une onde de chocs aux sbires pendant que les deux autres personnages se concentrent sur le boss. Protégez-vous bien évidemment derrière les murs. Lorsque l'ennemi est vaincu, il se régénère et passe dans une seconde phase et balance une salve de boules de feu qui s'écrasent sur le sol.
Lors de celle-ci, Bowser Megadragon est protégé par quatre protecteurs. Vous devez utiliser les mêmes techniques et utiliser la charge de Lapin Mario ou Yoshi pour causer un maximum de dégâts chez les ennemis. Vous pouvez aussi profiter des déplacements de Bowser pour le surprendre. Surtout, regardez les marques au sol pour éviter de vous faire toucher lorsque le boss balance ses boules de feu.
Lors de la troisième phase, Bowser Megadragon se met en boule dans un bouclier électromagnétique et demeure parfaitement invincible. Il est de plus rejoint par des démolisseurs (autant dire qu'il est préférable d'avoir éliminer tous les autres sbires avant) qui peuvent vite se révéler redoutables. Utilisez Lapin Mario et sa charge pour les affaiblir et surtout restez caché derrière les blocs noirs. En effet, lors du tour des ennemis, Bowser va se relever et utiliser son attaque carapace pour vous atteindre. S'il touche les blocs, il est étourdi et redevient vulnérable. Il faut alors mettre toutes les forces offensives contre lui. Dès qu'il se remet en boule, occupez-vous des démolisseurs et répétez l'opération jusqu'à qu'il soit vaincu pour de bon.
