Il s'agit du mode de jeu principal en multijoueur dans Splatoon 2, et accessoirement le seul auquel vous aurez accès avant d'atteindre le niveau 10. Dans ce mode, l'objectif est simple : peindre la plus grande surface possible de l'arène pour qu'au bout des 3 minutes de jeu, votre équipe contrôle plus de terrain que l'équipe adverse. Dans les faits, la tâche peut s'avérer plus complexe qu'elle n'en a l'air et les retournements de situation sont monnaie courante.
Dans ce mode de jeu, la priorité doit être donnée aux armes capables de recouvrir facilement et rapidement le terrain d'encre, et avoir un coéquipier équipé d'un Rouleau reste un avantage très important sur la majorité des cartes de jeu, ne serait-ce que pour pouvoir aisément recouvrir l'intégralité de son propre camp avec son encre. Et, dans le cas d'une percée dans le camp adverse, il est également important de pouvoir encrer le plus de surface possible très rapidement.
Enfin, lorsque vous vous apprêtez à jouer une parte de Guerre de territoire, vous remarquerez sous votre barre d'expérience en haut à gauche l'icône de l'arme que vous êtes en train d'utiliser ainsi qu'une appréciation juste à côté et un score. Le score en question débutera à 1, montera d'un cran à chaque victoire et diminuera de 0,5 point après une défaite. Si vous parvenez à un score de 5 en utilisant toujours la même arme, vous obtiendrez un bonus d'expérience et l’appréciation changera. A partir de là, vous perdrez 1 point complet pour chaque défaite, mais de nouvelles récompenses vous attendent à intervalles réguliers.
Vous ne pourrez toutefois toucher qu'une fois le bonus par catégorie d'arme (Rouleaux, Lanceurs,..) et pour chaque palier.
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