Dans le jeu Pokémon : Magicarpe Jump, les ligues sont votre objectif principal. Elles reposent sur plusieurs affrontements basiques (symbolisés par une PokéBall), des affrontement plus difficiles (des SuperBall) et un affrontement final (une HyperBall).

Vous n'avez aucune action à effectuer lors d'un combat si ce n'est d'ordonner à votre Magicarpe de sauter. En fonction de sa puissance de saut, il viendra (ou non) à bout de son adversaire, lui permettant d'affronter le dresseur suivant.

Notez que si votre Magicarpe a atteint son niveau maximum, il sera obligé d'affronter la ligue. Aussi, si vous utilisez un nouveau Magicarpe, vous devrez recommencer la ligue en cours depuis le début !