Les principaux combats que vous disputerez dans Sword Art Online : Memory Defrag sont les quêtes principales qui retracent l'histoire de SAO. Dans l'onglet "Quêtes", vous pourrez voir les différents arcs du manga. Cliquez sur un de ceux disponibles (ils se déverrouillent à chaque fois que vous complétez l'arc précédent) pour voir les différentes missions disponibles. Il vous est aussi possible de passer les quêtes en mode difficile en cilquant sur le bouton en haut à gauche de votre écran durant la sélection des arcs ou des missions.