Super Mario Run ne comporte que 24 niveaux mais ces derniers doivent être rejoués plusieurs fois pour livrer tous leurs secrets. En plus des différentes pièces à collecter, vous trouverez souvent des chemins alternatifs que vous pourrez emprunter si vous parvenez à maîtriser certaines techniques comme le saut sur place ou le wall-jump. Chaque niveau contient 5 pièces roses qu'il vous faudra collecter en un seul run. Si vous recommencez ce même niveau, ces pièces deviendront violettes, puis noires et seront plus difficiles à obtenir.