Nouveauté de cet opus des M&M Heroes, le système de gouverneur vous permet de personnaliser un peu plus encore la construction et l'évolution de vos citadelles. Vous n'aurez pas manqué de le remarquer, dans les différentes branches de Compétences que possèdent vos Héros telles que Diplomatie, Économie ou Attaque, il existe des Compétences particulières précédées de la mention « Gouverneur ». Ces capacités, comme leur nom l'indique, ne prennent effet que lorsque le Héros qui les possèdent est placé en tant que Gouverneur d'une cité et peuvent drastiquement amélioré votre économie ou vos résultats en combat.

Pour élire un Héros au rang de Gouverneur, rien de plus simple : amenez votre Héros à la cité désirée et dans la vue générale de ladite cité, faites glisser la tête du Héros vers le rond vide dans le coin en haut à gauche. Voilà, vous avez un Gouverneur ! Votre Héros peut alors vaquer à ses occupations n'importe où sur la carte : les effets de Gouverneur resteront actifs quoi qu'il arrive désormais. Notez toutefois qu'usuellement, il sera plus judicieux d'avoir un Héros spécialisé dans le combat et un autre, plus utilitaire, qui sera entre autre chargé d'accumuler le maximum de Compétences de Gouverneur pour en faire profiter toutes les villes où il sera nommé (cela est notamment compatible avec un Héros spécialiste de l'Exploration).