Vous débutez le jeu devant le château de Peach et celle-ci vous annonce que le Lapin Mario a perdu sa salopette et se cache donc dans un buisson, n’osant sortir. Votre première quête va donc être de partir à la recherche de celle-ci dans les environs.
Pour cela, vous devez simplement suivre le petit drapeau orange sur votre carte. Vous pouvez d'ailleurs sur le chemin commencer à faire le plein de pièces d'or qui vous seront utiles par la suite. Une fois que vous arrivez dans un buisson un peu enfoncé dans le sol, agitez le.
Vous trouverez alors la salopette que vous cherchiez et il ne vous restera plus qu'à suivre de nouveau votre petit drapeau orange sur votre carte pour retourner auprès de Peach et redonner à Lapin Mario sa salopette que Lapin Luigi avait cachée. C’est là que les choses vont partir de travers.
En effet, des Sparks apparaissent poursuivis par une raie géante qui commence à corrompre le château. Pire encore, elle va finir par engloutir Lapin Peach. Pour la secourir, Mario n'hésite pas une seconde et saute à l'intérieur de cette mystérieuse raie. Vous avez alors le droit à un tutoriel de combat.
Le principe est simple, vous devez absolument avoir une couverture pour éviter un maximum les dégâts. Cachez vous donc systématiquement derrière un rocher, si possible entier. Une fois que vous êtes là, tirez simplement sur les différents ennemis que vous trouverez.
Une fois que vous aurez fini de combattre, vos armes se mettront à ne plus marcher. Pour détruire les trois yeux, vous allez donc devoir utiliser votre charge qui est une attaque gratuite de corps à corps disponible chaque tour. Pour le premier tour, utilisez la avec Lapin Peach et Mario pour obtenir des œufs que vous pourrez lancer sur des yeux.
Par la suite, vous devrez utiliser la capacité de saut en équipe en rapprochant deux personnages que vous contrôlez. Servez vous de ce saut pour atteindre la plateforme suivante, puis utilisez la charge. Lancez ensuite l'œuf sur le dernier œil.
A la suite de ce combat, la raie s’écrase et les Sparks vous aident en faisant fonctionner de nouveau vos armes. S'ensuit alors un combat assez simple où vous viendrez rapidement à bout de vos ennemis en appliquant ce que vous venez d’apprendre.
A la fin de ce combat, c’est Cursa qui fait son apparition et corrompt les goombas présents. Pour les tuer, le plus simple, c’est de faire des charges avec un personnage. Pour le reste du combat, utilisez la capacité de Mario dès que possible étant donné que cela le fait tirer automatiquement sur des ennemis quand ceux-ci entrent dans sa ligne de mire pendant leur tour.
A la fin de ce combat, alors que la situation semble se corser, vos amis débarquent avec un vaisseau et vous tirent de ce mauvais pas. Après quelques discussions, vous découvrez que pour battre Cursa, il faut aller dans sa forteresse, mais que pour cela, vous allez devoir faire quelques détour par des mondes pour pouvoir recharger votre vaisseau avec des cristaux purifiés qui vous permettent de sauter de monde en monde.
