Avant de vous rendre au tout dernier boss, assurez-vous que vous êtes dans le Monde d’origine puis allez à la cascade à droite de la Vallée Fossile. Avancez jusqu’aux deux pupitres et positionnez les deux Éclats à votre disposition : Haine et Amour. Vous obtenez ainsi la Croix du Temps, autrement dit la Chrono Cross indispensable pour voir la vraie fin du jeu.

Rendez-vous sur la plage d’Onassa. Téléportez-vous dans le Monde d’origine pour découvrir Lucca et d’autres personnages issus de Chrono Trigger.

Pour défier l’ultime boss du jeu, il faut utiliser l’Œuf du Temps sur l’artefact violet. Le Dévoreur du temps vous attend.

Pour voir la véritable fin du jeu, il faut suivre la couleur du Chrono Cross, en utilisant les éléments dans l'ordre suivant : jaune, rouge, vert, bleu, noir et blanc. Vous devez ensuite activer le Chrono Cross pour découvrir la véritable fin du jeu (parmi les 12 disponibles) et sauver la jeune fille emprisonnée.