On retrouve alors Yoda après son retour de Kashyyyk alors qu'il arrive sur Coruscant pour réclamer des comptes à Palpatine. Allez ensuite jusqu'au sénat pour y rencontrer le désormais empereur et après une cinématique, le combat contre ce dernier se lance. Il ouvre le bal en essayant de vous électrocuter. Renvoyez lui son attaque.

Ensuite, il se trouve en position centrale et vous ne pouvez pas l’attaquer. Esquivez alors simplement les attaques quand elles arrivent. Il finit alors par tourner avec des éclairs, tournez en même temps que lui pour les éviter. Palpatine finit par s'épuiser et vous pouvez alors commencer le vrai combat.

Combattez le et réduisez ses PV à zéro pour la première fois. Palpatine va alors s’enfuir, vous le poursuivez et devez lutter contre ses éclairs qu’il essaye de vous envoyer de nouveau. Le combat se poursuit sur les modules du sénat. Dans cette deuxième phase, vous allez devoir faire attention aux attaques en zone de Palpatine car le module n'est pas beaucoup plus large que celles-ci.

Une fois les PV de Palpatine de nouveau réduits à zéro, celui-ci s'enfuit sur un autre module en hauteur et tire sur le votre avec des éclairs. Passez alors sur celui d'à côté, tuez les clones et construisez un bouton sur lequel vous allez appuyer ce qui fait apparaître une interface. Sans bouger Yoda, changez de personnage et interagissez avec celle-ci.

Vous rejoignez alors de nouveau Palpatine pour une phase 3 qui est relativement simple, ce dernier n’ayant qu’une très faible barre de vie dans celle-ci. Une fois battu, il vous envoie quelques clones, battez les et sautez sur le module suivant pour la quatrième phase. La encore, celle-ci est assez facile et une fois abattu, Palpatine s'enfuit sur un nouveau module en hauteur.

Il va alors vous envoyer deux vagues successives de trooper clones que vous allez devoir battre. Une fois que c'est fait, une cinématique s’enclenche et vous voyez Yoda perdre finalement son combat et tomber du module. Il décide alors de partir en exil loin de Coruscant.