Arrivé à l'arbre, votre seul moyen d'y rentrer est de demander de l'aide à Eiko. Cette dernière s'exécute et ouvre le passage dans l'arbre. Remarquez au passage la quantité de brume ici, cet arbre semble bien être la cause de toute la brume sur l'autre continent.

Rentrez donc dans l'arbre et sauvegardez. Avancez ensuite sur la plate-forme au milieu et vous déclencherez accidentellement un ascenseur. Avancez ensuite dans les entrailles de l'arbre en prenant les trésors sur votre passage.

Arrivé en bas vous allez assister à une série de phénomènes étranges. Continuez à descendre, et tout va se mettre à trembler. Un monstre, responsable de ce brouillard va communiquer avec vous. Vous devez le tuer pour faire disparaître tout ce brouillard. Il ne présente pas de grosses difficultés et vous le battrez facilement.

Une foi battu, tout tremble encore plus fort. L'arbre est désormais purifié et la brume dissipée. Après la discussion avec Bibi, un Mog vient alerter Eiko du vol d'un précieux objet dans son village. Vous la suivez donc.

De retour à son village, vous apprenez que la Pierre sacrée a été volée. Après que Eiko soit partie prier, vous entendez un cri en discutant. Bibi vient vous avertir que Eiko a été enlevée par la guerrière et qu'elle se trouve au mur des invocations. Elle vous demande le pendentif royal pour qu'elle libère Eiko.

Alors que Bibi s'exécute un inconnu surgit, engagé lui aussi par la reine Branet. Mais bizarrement ce dernier libère Eiko et refuse d'aider la reine et ses associés. La guerrière fuit alors abandonnant le joyau auparavant volé.

Ce mystérieux inconnu, du nom de Tarask, vous lance un défi afin de tester votre niveau de combat. Attaquez-le normalement et pensez à utiliser la magie blanche de Dagga. Vous récupérez ensuite le joyau et laissez Tarask partir.

De retour chez Eiko, pour vous remercier, elle décide de se joindre à vous afin de vous aider. Le lendemain, au moment de repartir vers l'arbre, Tarask revient vous voir et se joint lui aussi à vous soucieux de savoir d'où vient la force démesurée de Djidane.

En retournant à l'arbre d'Iifa, vous allez apercevoir Kuja. Préparez-vous et rapprochez-vous de lui pour finir par entamer le dialogue. Kuja se veut le responsable de cette guerre mais aussi le créateur des mages noirs.

Soudain arrive le vaisseau de guerre de Branet qui compte se débarrasser de Kuja, dernier obstacle à sa domination totale du monde de Héra. Elle demande à ses mages de préparer un sort pour anéantir Kuja, qui semble lui sûr de sa victoire.

Dagga décide d'aller récupérer une nouvelle invocation pour aider sa mère. Vous l'accompagnez mais la nouvelle invocation obtenue est insuffisante. Les mages invoquent donc Bahamut qui attaque Kuja et le blesse légèrement. Kuja décide de passer à l'attaque.

Après la cinématique, vous retrouvez Branet mortellement blessée. Vous retournez à Alexandrie grâce au bâteau et là, Dagga se recueille sur la tombe de sa mère et devient la nouvelle reine d'Alexandrie.