Quittez la Citadelle et suivez le Liberty Prime. Neutralisez les créatures que vous rencontrez en restant à distance pour ne pas subir les dégâts provoqués par les bombes qu'il lance. Vous vous retrouverez aux portes du musée Jefferson.

Durant cette dernière quête vous devrez décider si vous allez ajouter le virus au purificateur.

Quel que soit votre choix, allez à la boutique de cadeaux. Eliminez les ennemis qui vous barrent la route puis allez vers la rotonde. Vous y rencontrerez le Colonel Autumn. Essayez de le convaincre de changer de camp et d'abandonner ses projets, sinon combattez-le et débarrassez-vous-en.

Approchez du sas et vous réaliserez qu'une personne devra se sacrifier pour ajouter le virus avant que la salle n'explose. Vous pouvez soit laisser Lyons entrer ou vous charger de cette tache.

Dans le deuxième cas, vous vous retrouvez en face de l'entrée de filtration auxiliaire, utilisez le virus et ajoutez-le au purificateur. Utilisez des rad-X pour tenir le coup encore quelque temps car vous devrez ensuite taper le code 216 sur la table de contrôle.