Prenez ce qui vous appartient dans le casier et quittez votre cellule. Vous êtes convoqué par le Président en personne. Allez le voir dans son bureau. Tournez à droite et entrez dans le secteur 3A. Il s'agit d'un laboratoire dans lequel plusieurs créatures sont retenues prisonnières. Montez les escaliers et allez vers la porte qui mène à Raven Rock 2.
C'est là que le Colonel Autumn ordonne à ses hommes de vous abattre malgré les recommandations du Président. Continuez d'avancer en éliminant les ennemis qui vous barrent la route puis empruntez successivement la zone 2A et le couloir 2B. Vous vous retrouverez ensuite dans le secteur 2C. Au bout du couloir il y a une pièce, à gauche. Elle contient une poupée Vault-Tec qui augmente votre compétence armes à énergie de 10 points.
Sortez et prenez le couloir d'en face pour vous retrouver dans une pièce circulaire. Prenez à gauche jusqu'à la salle de contrôle. Vous atteindrez la zone 1A. Escaladez la grande structure centrale et approchez-vous de l'ordinateur qui n'est autre que le Président Eden. Il vous demande de faire le ménage dans les Terres Désolées et d'éliminer les mutants et autres créatures ayant trouvé refuge dans cette région. Vous devrez donc prendre la fiole de virus VEC modifié pour aller la verser dans le purificateur.
Quittez les lieux et, si vous possédez assez de points de compétences en discours, vous pourrez convaincre le Président de dissoudre l'Enclave.
Traversez donc les zones 1A puis 1B après avoir traversé le couloir et pris à droite. Avancez encore jusqu'au secteur 1C puis suivez le passage pour quitter cet endroit. C'est là que vous retrouvez Fawkes venu vous aider.
Allez au laboratoire de la Citadelle et parlez à Lyons. La Confrérie se prépare à attaquer l'Enclave pour reprendre le purificateur et vous décidez de les accompagner. Vous devrez effectuer toutes les missions secondaires avant de vous en aller car il s'agit de la dernière mission. Vous devrez sauvegarder à ce stade du jeu si vous voulez connaître les différentes fins disponibles.
