Le moment de la confrontation finale avec Ganon est arrivé. Le combat commence mal avec un Link qui a toujours la mauvaise idée de perdre son épée au mauvais moment. Heureusement, Daphnès Nohansen Hyrule fait une intervention inattendue et est le premier à formuler son voeu devant le Triangle d'Or. Mais Ganon, fou d'orgueil, engage le combat. Dans la première partie de cet affrontement, vous devez esquiver les attaques de Ganon et aller le frapper lorsque Zelda, qui a récupéré l'arc de Link au passage, envoie une flèche de lumière pour paralyser Ganon. Sachez que vous pouvez envoyer le grappin-griffe sur Zelda pour récupérer des coeurs. Mais celui-ci finit par mettre Zelda hors de combat, et vous devez vous débrouiller seul pour le frapper. Le mieux est de garder ses distances tout en attendant le moment opportun pour placer une contre-attaque spéciale. Le moment propice survient lorsqu'il termine son enchaînement, mais il y a tout de même une certaine probabilité pour que votre contre-attaque loupe l'ennemi. Avec un peu de persévérance, vous arrivez à gagner suffisamment de temps pour que la princesse Zelda reprenne ses esprits. Mais vous constatez vite que Ganon évite sans problème les flèches envoyées par la jeune fille.

Vous allez alors devoir mettre une autre tactique en place. Sortez le bouclier en gardant toujours vos distances avec Ganon, de façon à ce que Zelda puisse envoyer une flèche de lumière sur le bouclier de Link afin qu'elle ricoche ensuite sur Ganon. Il suffit donc d'anticiper le lancer de la flèche et de s'arrêter pour assurer un angle correct en direction de Ganon. Lorsque la flèche atteint enfin son but, vous devez impérativement vous approcher de Ganon pour placer une contre-attaque spéciale qui pulvérisera cet être abject. Le coup est mortel et définitif, et vous avez maintenant un instant de répit pour admirer la séquence de fin. Vous avez la possibilité de sauvegarder votre partie sur un autre fichier pour recommencer la quête afin de finir de compléter la galerie des Figurines Tendo par exemple. Vous constaterez en effet que vous avez conservé la Boîte à Images DX ainsi que toutes les figurines déjà obtenues dans la partie précédente. De même, l'aventure comporte quelques petites variantes au niveau des dialogues et des tenues, avec notamment la Tunique Verte de Link remplacée par les Habits Neufs que seuls les Honnêtes Hommes peuvent voir (pour ne pas dire les menteurs). Quoi qu'il en soit, rien ne vaut de faire l'aventure en pyjama et sans capuchon.