Ce dernier niveau devra être mené de façon assez particulière mais cela, vous le découvrirez bien assez tôt. Pour l'heure, ignorez l'arène sur la gauche, constituez-vous un groupe de Pikmin équilibré et avancez. Vous tombez alors sur Olimar, inconscient, et celui-ci se fait absorber par un mystérieux organisme. Attaquez ce dernier pour le faire lâcher prise, allouez dix Pikmin au transport d'Olimar (pour qu'ils puissent se déplacer aussi vite qu'un meneur), puis suivez Brittany à l'intérieur. Commence alors une course perpétuelle contre l'organisme, qui pourchassera sans relâche le capitaine Olimar et donc, les Pikmin qui le transportent. L'objectif sera donc, d'un côté, de mener l'organisme en bateau en lui faisant faire le plus de chemin possible et de l'autre, avec vos 90 Pikmin et vos deux meneurs, d'éliminer les ennemis et de vous frayer un chemin vers la sortie (chemin que pourra ensuite emprunter le groupe de Brittany).

{{uppage}}Pour l'heure, faites progresser vos deux groupes de la même façon, bifurquez à gauche à l'embranchement, envoyez vos 90 Pikmin sur le mur de terre, ignorez le mur de verre sur la gauche, faites place nette sur la droite pour que le groupe de Brittany puisse passer sans peine et allez pousser le sac en papier au fond pour créer une première boucle : celle-ci vous permettra, grâce à la fonction " Aller ici ", de faire faire des rondes au corps d'Olimar et, par incidence directe, à l'organisme. Attention toutefois, ce dernier dispose d'un raccourci et peut couper votre trajectoire si vous ne le laissez pas s'approcher assez. Surveillez donc les interventions de Brittany lorsqu'elle arrive à destination et ne la faites repartir que lorsque cela vaut le coup.

Avec votre groupe principal, assemblez les trente premières briques rouge au centre de la zone, poussez la boule avec vingt de vos Pikmin pour briser le mur de verre, allez ramasser la note derrière, creusez dans le trou pour vous armer de quelques bombes et retournez dans le premier couloir pour aller détruire le mur de pierre. Ramassez la note derrière, continuez vers le sud en détruisant un cristal gênant, ramassez une autre note en face, envoyez vos Pikmin sur le mur de terre à gauche et gardez quelques rocs de côté pour vous occuper de l'araignée et de sa toile. Empruntez le passage de droite pour vous enfoncer dans l'obscurité, montez sur la droite, envoyez quelques Pikmin jaunes pour faire circuler le courant et faites le tour de la salle par la droite en longeant la flaque d'eau pour aller lancer vos Pikmin jaunes vers une autre batterie en hauteur.

Pendant ce temps avec Brittany, n'oubliez pas que vous disposez à présent d'un plus grand circuit : vous pouvez passer par le mur de roche détruit au nord, descendre jusqu'au sud, puis remonter vers le nord par l'ouest. Avec votre groupe principal, assemblez un premier tas de briques bleues sur la droite, détruisez le mur de terre un peu plus loin, avancez, envoyez vos Pikmin bleus sur le second tas de briques (ils pourront les transporter dans l'eau et ainsi gagner du temps), passez sous l'arche à gauche et montez pour profiter de votre pont flambant neuf. Traversez également le deuxième pont de fleurs, lancez une dizaine de Pikmin jaunes et un meneur de l'autre côté pour pouvoir allumer une autre lumière, puis empruntez le premier pont de fleurs maintenant complété.

Éliminez l'araignée à l'aide de Pikmin rocs, creusez dans le trou derrière pour trouver une note, détruisez le mur de terre et soulevez la trappe avec vos Pikmin ailés pour créer un raccourci. Vous arrivez ensuite enfin à l'air libre et pouvez faire suivre le groupe de Brittany sans souci. L'affrontement final commence alors.

Boss : Spectroplasme

Ce boss est assez particulier puisque pour le vaincre, il va falloir... le manger ! Pour ce faire, attaquez-le comme s'il s'agissait d'un ennemi normal : des gouttes semblables à du nectar se sépareront alors de son corps. Envoyez-y n'importe quels Pikmin pour qu'ils mangent la substance et tenez-vous éloigné des attaques de la créature, qui essaye simplement d'embrocher les Pikmin proches devant lui. Une fois le quart de sa vie envolée, le boss commencera à créer des sphères renfermant de grosses parties de ce qui compose son corps. Ces sphères pourront être de quatre types différents : aquatique, électrique, cristallines (ce seront alors des cubes) et magmatique (il s'agira alors d'une flaque). Vous l'aurez deviné, à chaque sphère ses Pikmin. Veillez à cibler le cube au centre de chacune d'elle pour envoyer vos petits amis dessus, ce qui désactivera la protection et laissera une grande flaque de substance vulnérable. Jonglez rapidement entre vos différents Pikmin en enchaînant les roulades, passez dans le dos du boss lorsqu'il s'envole afin de lui envoyer vos Pikmin ailés sur le coin de la truffe sans danger, et le spectroplasme maigrira à vue d'oeil. Ne relâchez pas vos efforts en détruisant les sphères en priorité et vous libérerez sans peine le capitaine Olimar.

Vos petits Koppai peuvent alors tranquillement rentrer chez eux, les poches pleines de fruits tous plus savoureux les uns que les autres !