Le bougre d'hocotatien s'est posé sans votre autorisation et a emporté avec lui tout votre stock de nourriture : quoi qu'il arrive, il faudra donc récupérer au moins un fruit dès le premier jour d'exploration. Rendez-vous par exemple dans la zone à énigme au nord avec les balanciers, mettez un meneur et dix Pikmin sur une balance et lancez plus de 11 Pikmin sur l'autre pour faire monter votre meneur et ainsi accéder à un gros citron vert. Votre survie assurée, empruntez le nouveau passage au sud de votre camp, récupérez les deux notes de part et d'autre, lancez vos Pikmin ailés sur la tige violette sortant de l'eau et envoyez le reste de vos troupes contre le mur de terre à droite.

Allez déterrer votre premier Pikmin bleu, faites-lui faire des petits en le lançant sur les fleurs-palet et une fois aux commandes d'une dizaine de petites créatures bleues, enfoncez-vous dans le plan d'eau juste à côté pour aller entamer la récupération des trente pièces du tas de briques rouges.

{{uppage}}Avec le reste de votre groupe, allez récupérer la cote au bout de l'avancée, envoyez vos Pikmin sur le second tas de briques rouges, puis faites avancer votre groupe réunifié sur le pont ainsi terminé. Éliminez la créature des mers en sauvant vos petits camarades piégés dans les bulles à coup de Pikmin, récoltez le fruit contenu dans le cristal sur la gauche et poussez la malle en métal pour accéder à un autre fruit et à une note.

Ces derniers récupérés, envoyez votre escouade de Pikmin bleus vers la droite pour démolir un premier mur de terre sous-marin, puis un deuxième gardé lui par quelques ennemis, ramenez un premier groupe de briques blanches et bleues et au bout du pont rouge précédemment construit, préparez un meneur avec dix Pikmin ailés pour soulever la barrière de bambou. Avec votre escouade bleue, passez en dessous de ladite barrière, tournez à droite et assemblez les pièces du nouveau tas de briques blanches et bleues. Une fois cela fait, rassemblez vos troupes sur l'avancée ronde où vous aviez récupéré une note, lancez deux meneurs accompagnés de tous vos Pikmin rouges et rocs, puis envoyez ceux-ci ainsi qu'un meneur en face.

Éliminez le crabognon en brisant sa pince avec vos rocs et en le noyant sous vos attaques, brisez le cristal à gauche pour révéler un tas de briques bleues à assembler immédiatement, récupérez la note dans l'alcôve où se terrait le crabe, allez récupérer un tas de dix briques bleues supplémentaires un peu plus loin et faites creuser tous vos Pikmin dans le trou juste à côté pour récupérer toutes les briques bleues manquantes. Le pont terminé, constituez-vous un groupe contenant au moins vingt à trente Pikmin bleus et autant de rocs, puis empruntez le chemin qui s'offre à vous. Lancez ensuite quelques Pikmin rocs sur le cristal au centre pour commencer le combat.

Boss : Paludanbule

Cette plante crabe millénaire est très imposante mais ses charges frontales sont faciles à éviter, à condition de rester mobile et de posséder la flûte à galipettes (qui vous autorise des roulades salvatrices). Dans un premier temps, n'envoyez que vos Pikmin bleus au combat : tout autre Pikmin se noierait dans les flaques laissées par les pattes du boss. Ses pattes, c'est d'ailleurs là que vous allez devoir concentrer vos assauts : assurez-vous de viser toujours la même pour ne pas gaspiller d'énergie et de Pikmin en lui tournant autours, puis lorsque le colosse s'affaisse, rapprochez-vous avec tout votre groupe, ciblez le cristal (puis la plante qu'il laisse apparaître) et lancez un assaut. Rappelez immédiatement vos Pikmin en " redescendant " pour ainsi dire de la créature, attendez que sa langue ait fini de passer, puis relancer un assaut. Répétez l'opération en ne prenant jamais aucun risque (la langue emporterait sinon avec elle de nombreux Pikmin) et réitérez les opération précédentes. A mesure que le combat avancera, le boss deviendra plus dangereux : ses charges deviendront plus rapides (rien qui ne puisse être réglé avec quelques roulades) et ses coups de langue feront deux à trois fois le tour de sa bouche pour vous prendre en traître. Ne prenez pas de risque, et vous finirez par avoir ce géant à l'usure.

Vous êtes maintenant coutumier du fait : rapatriez au Drake le fruit, la carcasse et Louie l'hocotatien et préparez-vous à un nouveau périple dans le dernier niveau du jeu.