Les noyaux procurent des bonus aux Nexomons qui les portent. Chaque créature peut en porter jusqu'à quatre.

Chaque type de noyau se décline en trois niveaux ("I", "II" et "III"). Le premier niveau procure 3% de bonus, le deuxième 6% et le troisième 9%. Les effets se cumulent, vous pouvez donc atteindre 36% de bonus dans une catégorie avec quatre même noyaux de niveau III.

• Destruction : booste l'attaque (ATQ).

• Experience : booste l'expérience gagnée.

• Cupidité : booste l'argent gagné après un combat.

• Immunité : diminue la probabilité de recevoir un effet de statut.

• Protection : booste la défense (DEF).

• Endurance : booste l'énergie (NRJ).

• Vitalité : booste les PV.

• Synergie : copie l'experience récoltée par le Nexomon combatant et l'attribue au porteur.