Après avoir crée votre personnage et avoir choisi vos 2 armes, vous aurez alors la possibilité d'aller vers la mission suivante sur la carte du monde. Mais vous pouvez aller sur le point de départ et choisir le Dojo. Il va vous permettre, dans un premier temps, de saisir toutes les subtilités du système de combat de Nioh 2, que ce soit les attaques, la mutation en Yokai, ou l'Impulsion Ki. Il y a également un mode d'entraînement libre, qui vous permettra de vous entraîner sur ce qui vous fait défaut.

Par la suite, vous débloquerez de nouvelles missions correspondant aux différentes capacités primaires, le Ninja, le Samouraï et l'Onmyo. Faire ces missions vous apprendra quelques bases sur ces capacités, mais surtout vous débloquera de nouveaux nodes dans leur arbre attitré. .