Continuez tout droit et ramassez le tas de ferraille juste derrière la station médicale à activer. Approchez vous de la concentration de Nanite juste devant la porte à ouvrir et écoutez la conversation. A la fin de celle-ci, la concentration se transformera alors en Gros tas de ferraille. Ouvrez la porte, et tirez sur la créature collée au mur pour l'attirer et la combattre. Prenez l'ascenseur, puis tuez l'ennemi face à vous. Il peut vous donner ses pièces d'armure, ainsi que son arme en fonction du membre que vous choisirez de couper. Quelques objets à ramasser se trouve également dans cette zone.
Regardez derrière le cylindre sur votre gauche pour y ramasser une Cache de technologie avancée. Légérement à gauche de l'ascenseur, tournez vous et entrez dans le renfoncement. Tuez les bêtes qui vous y attendent, et ramassez ensuite la Cache de technologie avancée. Près de la statue se trouve un tas de ferraille. A droite des déchets toxiques se trouve un Amplificateur de dégâts de déviation, et juste à droite de cet implant se trouve une Cache à butin contenant une Panoplie antitoxique. Pour sortir de cette salle, allez à gauche du portail, et vous verrez une concentration de Nanite, restez sur cette dernière jusqu'à faire apparaître un gros tas de ferraille, puis partez à droite de la tente orange. Tuez les ennemis en les attirant un par un, puis passez par le trou dans le mur en face de leur position.
Avant de passer le second trou dans le mur, faites attention car un ennemi vous attend juste de l'autre côté. Ramassez l'Adaptateur pneumatique pour jambes en face de vous, puis continuez à avancer. Vous allez alors tomber sur un nouveau type d'ennemi, infecté par la Nanite. Coupez les membres avec un icone violet de bouclier sur ces derniers pour récupérer les plans pour le set Chrysalis, puis ramassez la Batterie d'autosoin dans le coin, ainsi que l'enregistrement audio à sa droite. Montez ensuite sur la rampe pour affronter un autre infecté, et tentez de lui couper un autre membre pour compléter le set. Vous aurez alors la possibilité de partir à gauche ou à droite.
Commencez par la droite, et ouvrez la porte. Avancez et vous allez rencontrer un PNJ, Professeur Okunjo Saint-Croix, qui va vous donner une affaire secondaire à régler. Brisez ensuite le verrou magnétique contre le mur pour réactiver l'ascenseur devant vous, qui créera ainsi un raccourci. Ramassez le Super-chargeur de déviation près de sa tente avant de retourner au niveau de l'intersection, pour prendre cette fois-ci à gauche. Utilisez le point de Grappin, puis allez sur la droite pour ramasser la Grande cache de technologie avancée.
Un boss optionnel se cache dans la salle, vous pouvez choisir de l'affronter ou non.
Boss - Echo d'Excavateur alpha
Approchez vous de la cache au centre de la pièce pour que le combat démarre. Il va sauter du mur et atterir au sol. Profitez-en pour mettre quelques coups le temps qu'il se relève. Le combat est une copie quasi conforme du combat contre l'Excavateur que vous avez vaincu précédemment. Ce boss est juste beaucoup plus vif que ce dernier. Restez au corps-à-corps et préparez vous à parer ses coups de griffes (Il en fait un ou deux d'affilée), et après son petit saut, il vous foncera dessus, ou retentera de vous mettre des coups de griffes. Si vous parez 4 de ses attaques, il s'écroule sur le sol et vous aurez alors la possibilité de lui mettre quelques coups.
Au bout d'un moment, il partira s'accrocher au plafond, et vous enverra des morceaux de Nanite, ce qui lui coûte des points de vie.. Evitez-les, puis détruisez-les, car lorsqu'il redescendra, il les aspirera pour récupérer la vie perdue.
Une fois mort, il vous laissera son arme si vous avez brisé l'un de ses membres. ainsi qu'un Intensificateur de vitesse énergétique.
Empruntez le seul chemin disponible, avec le logo du CIT au dessus de ce dernier. Tuez l'infecté devant vous et coupez-lui le bras avec un bouclier violet pour récupérer son arme, le Fendoir defragué. Montez les marches, puis ouvrez la porte au fond pour arriver à l'Institut de technologie CREO. Avancez pour trouver une station médicale et un enregistrement audio juste à sa gauche. Sortez et ouvrez la porte à côté d'H.A.R.O.L.D. Vous entendrez alors une voix familière... passez par le trou dans la rembarde et préparez-vous pour combattre à nouveau Frère Eli.
Boss - Frère Eli (2ème rencontre)
Avant de vous attaquer à lui, partez vers la droite vous occuper du soldat qui patrouille. Cela va alerter Frère Eli ainsi que le soldat qui est avec lui. Tuez l'autre soldat, puis concentrez-vous sur Frère Eli. Il possède les mêmes coups qu'auparavant, sauf qu'il maîtrise maintenant les attaques à base de Nanite, ce qui va lui permettre d'être beaucoup plus efficace à distance qu'auparavant. Esquivez ses attaques à distance et parez celles au corps-à-corps pour en venir assez facilement à bout.
Une fois tué, vous récupérerez un Oxygénateur critique ainsi qu'un morceau du set d'équipment du Sombre prophète, en fonction du membre que vous avez choisi de lui couper.
Sortez par la porte devant laquelle Eli se tenait, et prenez l'ascenseur pour vous rendre dans le Laboratoire de Guttenburg. Parlez à ce dernier, qui vous donnera une nouvelle mission principale, en plus de vous donner un Grappin élévateur. Ce dernier vous permettra, en plus de pouvoir prendre les ziplines qui vont vers le bas, de remonter celles qui partent vers le haut. Retournez sur vos pas, dans la grande salle ou vous avez affronté Eli, et utilisez ce gadget sur le Point de grappin près de la porte bloquée par la structure corrompue. Allez sur la gauche récupérer le gros tas de ferraille, puis descendez l'escalier et ouvrez la porte pour partir vers Gideon's Rock.
