Reprenant le principe de Subnautica, Subnautica : Below Zero change d'ambiance et emmène les joueurs vers 4546B, une planète entièrement gelée. Pour comprendre ce qu'il se passe en ces terres hostiles, les joueurs devront gérer la faim et la soif, tout en essayant de ne pas être tués par l'environnement. Une tâche difficile, qu'il sera possible d'accomplir en récupérant des matériaux et en concevant les outils nécessaires. De plus, les joueurs pourront construire des bases, et les améliorer au fil de la progression. Une partie de l'aventure se déroulera sous l'eau, mais il faudra également aller explorer les terres gelées accessibles dans l'univers du titre.