Le jeu prend place dans la vaste "Académie-Y", une école composée de différentes zones à explorer librement pour y résoudre des mystères, intéragir avec les autres étudiants et nouer des relations, participer aux activités des clubs, ou encore prendre part à des combats en se transformant en Yo-kai. Un titre que Level-5 compte faire vivre sur le long terme à renfort de mises à jour (un mode multijoueur sera notamment ajouté) et de DLC payants.