C'est dans un article de blog que les concepteurs de Shadow of the Tomb Raider évoquent les diverses options qui seront offertes aux joueurs. Ils indiquent ainsi que la difficulté des combats, des phases d'exploration et des puzzles pourront toutes les trois être réglées indépendamment. On pourra par exemple choisir d'avoir des affrontements exigeants, avec peu de munitions et des ennemis solides, des puzzles ardus avec aucune aide, mais tout de même des marques dans l'environnement pour repérer le prochain endroit où s'agripper. Pour les plus téméraires, le mode de difficulté générale "Deadly Obsession" (en anglais) mettra tout au maximum et ne permettra pas de changer d'avis en cours de partie.