Par le biais de ses forums officiels, Sega a donné quelques détails sur le DRM prochainement utilisé pour la protection d'Alpha Protocol. Il s'agira du système Uniloc : SoftAnchor. Les joueurs n'auront à activer qu'une seule fois leur licence sur le net avec jusqu'à cinq activations par licence. En cas de problème de PC, il sera possible de gérer la licence en ligne pour par exemple désactiver le jeu sur un poste. Uniloc concernera toutes les versions PC, même la version Steam qui se passera donc de Steamworks. Notez enfin qu'un patch arrivera entre 18 et 24 mois après la sortie du jeu pour supprimer totalement le DRM.