Certains joueurs rencontrent quelques difficultés lors de l'installation de Prototype sur PS3, se heurtant à un message d'erreur selon lequel l'espace sur le disque dur de leur console serait insuffisant, quand bien même ce dernier serait vierge. En attendant un patch, Activision a au moins fourni une méthode permettant de contourner le problème, elle consiste à modifier l'espace disque d'au moins 700 Mo, pour y parvenir, il vous faudra installer ou désinstaller un jeu, télécharger des démos ou n'importe quel autre type de contenu.

Mise à jour : Activision nous informe que ce problème ne concerne que le territoire américain et que les versions françaises du jeu sont épargnées. De plus, seule une petite partie des joueurs seraient touchée.