A l'image du quatrième épisode, le cinquième opus de Megaman Battle Network sera décliné en deux versions que sont Megaman Battle Network 5 : Team Protoman et Megaman Battle Network 5 : Team Colonelsur GBA. Les jeux reprendront bien entendu le système de combat des précédentes versions et vous pourrez cette fois user du système Chaos Union, en plus du Soul Unison déjà présent dans MBN 4, qui vous permettra d'utiliser le pouvoir des ténèbres grâce aux Dark Chips. Le tout comprendra différents scénarii "Flashback" et vous disposerez entre les deux versions de six personnages jouables ainsi que d'une douzaine d'homologues virtuels. De plus chaque jeu disposera d'ennemis, d'âmes et de chips différents.

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