À la fin du XIIIe siècle, le grand empire mongol poursuit sa conquête de l'Orient et finit par s'en prendre au Japon. L'île de Tsushima, seul rempart entre l'immense flotte de l'envahisseur, se doit de faire face à cette menace. Mais après un assaut dévastateur, l'île s'effondre sous la force de l'oppresseur et la résistance est annihilée.

Jin Sakai, l'un des rares survivants, persiste à défendre coûte que coûte sa terre natale. Pour se faire, il choisit de de se défaire du Bushido, code ancestral des Samouraïs, pour emprunter lorsque cela est nécessaire la voie des ombres. Tel un fantôme, vous sillonnerez les différentes régions de l'île afin de libérer cette dernière du joug de l'ennemi et protéger votre peuple. Cette entreprise périlleuse vous vous permettra de contempler des paysages magnifiques et de faire des rencontres qui pourront s'avérer décisives dans votre quête.

Avec votre katana dans son fourreau et votre arc sur le dos, sachez qu'une multitude d'approches s'offrent à vous face aux redoutables guerriers mongols. Mettez à profit vos différentes compétences et armes en les combinant à des tactiques de votre cru pour transformer votre baroud d'honneur en revanche silencieuse.