The Legend of Heroes : Hajimari no Kiseki et ses - presque - cinquante personnages compte inclure le système "Cross Story", offrant au joueur de multiples points de vue à travers trois scénarios différents. L'histoire principale s'attardera notamment sur quelques héros principaux. Rean Schwarzer est l’instructeur responsable des opérations spéciales de « classe VII » au campus de l’Académie militaire de Thors. Fils aîné du baron Schwarzer, il décide de visiter sa ville natale, le village des sources thermales d’Ymir, après la fin de la guerre. Nous rencontrerons également Juna Crawford, chef des opérations spéciales de « classe VII », pleine d'énergie et dotée d'un sens aigu de la justice. Elle constitua une aide précieuse lors du désastre s'étant abattu sur l'Empire.

D'autres images nous révèlent Kurt Vander, fils de la famille Vander, expert du maniement de l'épée. Au cours de la catastrophe du Grand Crépuscule, il s’est opposé au prince Cédric qu’il a autrefois protégé. Très sérieux, il se concentre dans les arts littéraires et militaires jusqu’à son diplôme. Altina Orion est quant à elle un homunculus créé par un gnome, qui s’est inscrite au campus de l’Académie militaire de Thors en tant qu’agent de la Division du renseignement. Elle accompagne Rean dans sa ville natale.

Musse Egret est vouée à devenir une duchesse. Elle est dotée d'un pouvoir lui permettant parfois de lire l'avenir. Après la guerre, elle décide de poursuivre ses études comme étudiante de la Classe VII. Ash Carbide est un jeune délinquant qui, souffrant d'une ancienne malédiction, avait ouvert le feu sur l’Empereur. Afin d'expier son crime, il a combattu aux côtés de Rean et de ses camarades de classe durant la guerre.