En effet, alors que la septième mise à jour, Deep Dive, devrait bientôt nous parvenir, les créateurs indiquent sur la page Steam du jeu n'être pas satisfait de l'orientation prise par le scénario, au point de le reprendre depuis le début. Cependant, l'arc actuel sera bien clos avec la prochaine mise à jour, après quoi le développement scénaristique prendra une autre tournure. De plus, le scénariste principal, Tom Jubert, a quitté le studio, remplacé depuis peu par Jill Murray, dont certains joueurs ont vu apparaître le nom dans les crédits d'Assassin's Creed IV : Black Flag ou encore de Shadow of the Tomb Raider.

Malgré tous nos efforts, nous ne sommes pas exactement où nous voudrions en être, surtout en ce qui concerne l'histoire. Lorsque nous avons décidé de faire un autre jeu Subnautica, nous voulions faire un jeu doté d'une histoire vivante, avec un personnage principal qui s'exprime et des personnages secondaires qui le font également, qui différencierait Below Zero du jeu original. Nos premières tentatives de créer une histoire vivante (...) ont été un peu désordonnées. Nous aimons faire des choses massives et originales, mais nous avons réussi à nous retrouver un peu bloqué. Nous avons eu du mal à définir clairement les motivations de nos personnages, et à créer des relations clés entre eux. (...) En nous basant sur les commentaires de la communauté et sur notre avis, nous nous sommes rendus compte que certains changements devaient être apportés.

Cependant, certains éléments seront conservés, à l'image de Marguerit et de Al-An, de l'environnement polaire, ainsi que la planète, nommée 4546B. Pour le reste, le studio nous promet une nouvelle histoire dès l'année prochaine.