Une organisation nommée Amadeus est sur le point de prendre le contrôle des ordinateurs des armées du monde entier grâce à un virus qu'elle a développé. Metal Slug 4 sur console virtuelle Wii présente deux nouveaux héros, Nadia Cassel et Trevor Spacey, que vous devez guider à travers des niveaux fourmillant d'ennemis. Heureusement pour vous, un arsenal copieux est à votre disposition pour blaster à tour de bras.