Tiré du livre éponyme dont il reprend les caractéristiques graphiques, Magicologie sur Wii est un jeu d'action-aventure situé à l'époque Elisabethaine. Le joueur est embarqué dans un tourbillon de sorts, de potions et de combats entre apprentis magiciens. Guidé par l'enseignement de Merlin, le plus grand enchanteur, le joueur est amené aux quatre coins du monde pour une aventure pleine de rebondissements.