Bad Apple Wars est un jeu d'aventure qui nous place dans la peau d'une jeune fille décédée tragiquement à la suite d'un accident de voiture lors de son premier jour d'école. Pour autant, tout ne s'arrête pas là et celle-ci se retrouve dans une sorte de vie après la mort où elle doit suivre les cours d'une école nommée NEVAEH Academy. Respecter les règles est synonyme de nouvelle vie mais les conflits en interne vont pousser les étudiants dans une guerre pour le pouvoir.