Touhou Genso est un jeu de type RPG avec des éléments de Rogue-Like. Le joueur contrôle Reimu, une prêtresse du Sanctuaire Hakurei, qui a lancé son investigation sur le dernier incident du monde de Gensokyo. Lors de la visite de Reimu dans la boutique de Rinnosuke Morichika, cette dernière lui montre une sphère en or. Notre protagoniste s'empresse de la toucher ce qui génère une tour avec de nombreux donjons où elle s'aventure avec son partenaire Futo Mononobe. La version "reloaded" ajoute de nouveaux donjons, objets et pnj.