Dans la lignée de son prédécesseur sur Game Gear, Super Nazo Puyo est un puzzle-game en deux dimensions. A la différence que cet opus introduit une dimension stratégique, puisqu'une partie du jeu propose au joueur de contrôler une magicienne, Arle, qui part à l'aventure et explore villes et donjons. Lors des séquences de puzzle-game, le but est d'aligner ses Puyos et de faire des combinaisons de couleurs pour éliminer lignes et colonnes et marquer des points.