Dans The Violinist of Hameln, vous incarnez Hamel, un aventurier qui se sert de son violon comme arme. Le jeu est l'adaptation sur Super Nintendo d'un dessin animé japonais des années 90. Le musicien arrive à Staccato, une ville attaquée par des monstres, qu'il doit chasser à l'aide de son violon. Le héros part ensuite combattre le mal, accompagné de sa jeune amie Flute.