Doraemon est de retour sur Super Nintendo dans Doraemon 3 : Nobita et le joyau du temps. Nobita et ses amis ont découvert un fossile qui se fait écrasé par une voiture. Ils demandent alors à Doraemon d'utiliser sa machine à remonter le temps pour retrouver ce fossile. Comme dans le précédent épisode, plusieurs personnages issus du manga sont jouables. Chacun possède ses propres armes, qui peuvent être améliorées en cours de partie.