Wing Commander : The Secret Missions est un jeu de combat spatial sur Super Nintendo qui ajoute 16 nouvelles missions au jeu original. Le Tiger's Claw répond à un signal de détresse en provenance de la colonie Terran dans le système Goddard. A son arrivée, l'équipage constate que la colonie a été détruite par une nouvelle arme Kilrathi. Le joueur devra piloter le Tiger's Claw, rattraper les Kilrathi et détruire leur arme.