Super Ninja Boy est l'un des rares jeu de rôle sur Super Nintendo où il est possible de jouer à deux. Un jour, un vaisseau spatial fait son apparition dans le ciel, brisant la paix qui régnait sur Chinaland. Jack et Ryu sont alors chargés par l'empereur Chin de découvrir ce qui se trame. Lors des combats, l'action se déroule à la manière d'un beat'em all, chaque joueur dirige son personnage et vous devez éliminer tous les adversaires. Vous pouvez donner des coups, sauter et lancer des sorts.