MechWarrior plonge votre Super Nintendo dans un univers futuriste où les hommes se battent à bord de robots géants. Vous dirigez Gideon Braver Vandenburg, un mercenaire en exil à la recherche d'informations sur les personnes qui ont tué sa famille. Pour se faire de l'argent, il monte à bord de son mech et accepte les missions consistant à abattre des mechs ennemis. En rencontrant des personnes et en enchaînant les missions, Vandenburg tente de retrouver les membres de l'Aile Noire.