Arrivé alors que les consoles 3D s'installent peu à peu dans les foyers, Mortal Kombat 3 joue la carte du renouveau avec un système de jeu qui évolue beaucoup, des graphismes largement améliorés avec des sprites digitalisés d'une bien meilleure qualité, un véritable bouleversement du casting et une ambiance générale largement plus sombre. La première chose qui choque une fois le jeu lancé, c'est le chamboulement total des personnages présents. S'il est appréciable que quelques persos soient absents d'un épisode pour mieux revenir plus tard (comme c'est le cas ici pour Sonya et Kano alors libérés de l'Outworld), de trop nombreux persos ont été enlevés suite à des problèmes de licenciement d'acteurs. Ainsi, les très emblématiques Rayden et Johnny Cage ne sont plus de la partie, ainsi que l'ensemble des ninjas étant donné qu'il s'agit du même acteur pour ce dernier : bye bye donc à Scorpion, Sub-Zero et Reptile. Cependant, le deuxième Sub-Zero est bel et bien présent avec cette fois-ci une personnalité mieux assumée grâce à sa cicatrice à l’œil, son costume un peu différent et ses coups spéciaux propres (gel en l'air qui retombe sur l'adversaire et clone de glace à la place du gel au sol). La race des Tarkatan semble avoir été repoussée étant donné l'absence de Baraka et de Mileena : certaines sources affirment que Kitana l'aurait tuée, mais rien n'est indiqué dans le jeu, et pour cause, Kitana est également absente !
Une des évolutions majeures du gameplay réside dans la possibilité de courir via le bouton R avec une petite jauge d'endurance (les personnage ne manquant pas de pousser un vieux cri furax bien série B) et d'effectuer de petits combos (certains personnages sortant même une arme pour frapper à cette occasion), ce qui augmente d'autant plus la difficulté du mode arcade, l'IA se mettant en plus à nous foncer dessus afin de contrer tout ce qu'elle prévoit. Là où ce nouvel épisode est vraiment génial, c'est dans son menu principal beaucoup plus sombre que les précédents où on peut entrer des codes afin de rendre certains paramètres utilisables, Shao Kahn prononçant un rire démoniaque pour les menus Kool stuff et Kooler stuff, et un „excellent“ pour le Scott' stuff. S'ils permettent de faire pause en combat, d'enlever le timer, de choisir la zone de combat, de disposer de davantage de temps pour effectuer une fatalité, de disposer de trente crédits, de jouer au bon vieux classique du jeu vidéo Galaga à deux joueurs avec cinq vies chacun et de jouer avec Morato et Shao Kahn en versus (un seul joueur ne pouvant par contre choisir un des boss), il simplifie surtout les choses pour les fatalités bien compliquées à faire dans cet épisode. Il est non seulement possible d'en effectuer une à chaque round gagné, mais un bouton a surtout été désigné pour chaque possibilité, sa simple pression étant suffisante après l'écran de FINISH HIM. Ainsi, les boutons Y et B effectuent les deux fatalités de chaque perso, le bouton A le friendhip, le bouton R la babality et le bouton L la fatalité de stage. Quant au bouton X, il inaugure les animality, nouveau type de fatalité où les persos se transforment en animal pour donner le coup de grâce. Pour effectuer un friendship ou une babality sans ce code, le bouton de garde ne doit pas être utilisé pendant le dernier round. Concernant les animalities, les exigences vont un peu trop loin : elles ne sont possibles qu'au troisième round et il faut effectuer un mercy (petite manipulation qui ressuscite l'adversaire avec un minimum de vie), retoucher son vis-à-vis et seulement ensuite effectuer la manipulation.
Beaucoup de nouveautés marquent donc ce troisième épisode de Mortal Kombat, riche en bien des points, mais une faiblesse de taille le met en-dessous du II : il manque bien trop de personnages importants dans son casting. Midway corrigera donc le tir en employant de nouveaux acteurs pour une version plus complète intitulée Ultimate Mortal Kombat III.